Toutes les plantations de la Compagnie Fruitière sont gérées au travers d’un Système de Management de l’Environnement. Les processus mis en place sont régulièrement audités par des organismes indépendants. Il s’agit en premier lieu de limiter le recours aux produits phytosanitaires.

Ainsi, l’évolution des parasites des cultures et des mauvaises herbes est suivie par le biais d’analyses en laboratoire ou d’observations au champ. En matière de lutte parasitaire, l’utilisation de techniques naturelles est systématiquement privilégiée lorsqu’elle est possible, en témoignent les stratégies de production articulées autour du système de jachères longues en Côte d’Ivoire et de rotations culturales au Cameroun.

Les produits phytosanitaires (nématicides, insecticides, acaricides, fongicides et herbicides) sont déclenchés sur avertissement uniquement : en cas de dépassement de certains seuils d’infestation. La production et l'utilisation systématique de vitro-plants plus résistants, issus de la sélection naturelle des meilleures souches et garantis sans recours aux OGM, participe à la stratégie de limitation de l'utilisation de ces produits. Les engins aériens affectés aux traitements de fongicides sont équipés de guidage GPS avec les cartographies des zones à traiter et sont pourvus d’un système automatique de fermeture des buses qui limitent la diffusion de fongicide à la zone de traitement.

Les quantités d’engrais minéraux appliquées sont ajustées grâce aux résultats des analyses d’échantillons de sols et de feuilles. Tous les produits utilisés sont autorisés à la fois dans le pays d’utilisation et dans les pays de consommation des fruits produits. Les équipements d’application des produits phytosanitaires et des engrais font l’objet d’un étalonnage annuel garantissant que les quantités exactes de produits sont apportées aux plantes.